Фамилия Шнакшкаж — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью выдаёт иноязычное происхождение, причём не из привычных польского или немецкого, а из литовского или латышского ареала. Сочетание согласных «шк», «шкж» и конечное «-ж» нехарактерно для русской ономастики, зато типично для балтийских языков. Скорее всего, перед нами русифицированная запись литовской или латышской фамилии, которая в оригинале могла звучать как Šnakškas или Šnakšķis.

Разбираем основу. Корень «šnakš-» в балтийских языках имеет звукоподражательную природу и связан с глаголами, означающими «хрустеть», «трещать», «щелкать» (ср. лит. šnaksėti — щёлкать, хрустеть). Прозвище Šnakškas могли дать человеку с характерной манерой речи (отрывистой, щёлкающей) или с громкой походкой. Вторая версия — от слова šnaka («каша, месиво»), но она менее вероятна, так как суффикс «-šk-» чаще образует звукоподражательные прозвища, чем бытовые.

Суффикс «-ж» на конце — это, вероятно, адаптация балтийского окончания «-is» (Šnakšķis) под русское произношение. В XIX веке при записи фамилий в метрических книгах литовские и латышские окончания нередко передавали через «-ж» или «-ш» на слух. Таким образом, фамилия Шнакшкаж — это не что иное, как записанный по-русски балтийский антропоним, который в исходной форме значил «Трескун» или «Щелкун».

Географически фамилия, скорее всего, происходит из западных губерний Российской империи — Ковенской, Виленской или Курляндской, где жили смешанные литовско-русские и латышско-русские общины. В современной России она встречается крайне редко, что только подтверждает её локальное происхождение: носители — потомки переселенцев из Прибалтики, сохранивших редкую фамилию без переделки на русский лад (вроде Шнакшина или Шнакшова).

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий: нет привычных суффиксов -ов/-ев, -ин или -ский. Фамилия осталась «сырой», без добавления патронимического суффикса, что типично для поздних записей иноязычных прозвищ в приграничных районах. Это делает её особенно ценной для генеалогии: по ней можно сразу определить, что предки были не великорусами, а балтами, которых записывали на слух местные писари.