Фамилия Шнапштис — редкий случай, когда происхождение почти прозрачно, но требует исторической оговорки. Это литовская или, точнее, жемайтийская фамилия, образованная от слова šnapštas, которое в литовском языке означает «шёпот», «шушуканье», «бормотание» или даже «шелест». Суффикс -ис (-is) — типичный для литовских фамилий мужского рода: он указывает на принадлежность к литовской ономастической традиции, где фамилии на -ис, -ас, -ус закрепились в XIX веке. Таким образом, Шнапштис — это «тот, кто шепчет» или «шептун».

Прозвище Шнапштас (основа без суффикса) могло закрепиться за человеком с тихой, невнятной речью, либо за тем, кто имел привычку говорить шёпотом — например, в церкви или при дворе. Есть и более бытовая версия: в литовских говорах šnapštas иногда обозначает не только звук, но и человека, который «шипит» или ворчит себе под нос. В любом случае, корень звукоподражательный — от глагола šnapti («шепнуть», «бормотнуть»).

Фамилия почти не встречается за пределами Литвы и приграничных районов Латвии, а её русское бытование — результат миграций конца XIX — начала XX века. В Российской империи литовские фамилии часто русифицировали, меняя окончания, но Шнапштис сохранил исходную форму, что говорит о позднем и, вероятно, единичном переселении носителя.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шнапштас, Шнапштялис — показывает, что основа редкая даже для Литвы. В словарях литовских фамилий (например, у К. Кузьявичюса) слово šnapštas фиксируется как диалектное, что делает Шнапштис не просто фамилией по прозвищу, а маркером конкретного говора — скорее всего, западножемайтского. Аналогов в славянских языках нет, хотя по смыслу она близка русским фамилиям Шептунов, Шептухин — но те образованы от полных форм глагола.

Итог: Шнапштис — литовская фамилия, означающая «шептун». Носитель, вероятно, происходил из Жемайтии, а его предок получил прозвище за тихую, неразборчивую речь или привычку говорить шёпотом.