Фамилия Шнекаев звучит необычно для русского уха, но её механизм образования типичен для восточнославянских фамилий. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: сын Шнекая. В основе лежит прозвище Шнекай, которое, скорее всего, происходит от слова «шнека» — так в Новгородской земле и на Русском Севере называли небольшое парусно-гребное судно. Шнеки использовались для промысла в прибрежных водах, ходили по рекам и озёрам. Значит, предок Шнекаев мог быть рыбаком или лодочником, либо сам получил прозвище за сходство с этим судном — например, за невысокий рост, быструю походку или склонность к перемене мест.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «шнека» означала не только лодку, но и мелкую рыбёшку или даже снулую рыбу. Если так, то прозвище могло закрепиться за нерасторопным, вялым человеком. Однако первая гипотеза — с морским или речным промыслом — выглядит убедительнее: географически фамилия тяготеет к северо-западу России, где суда-шнеки были хорошо известны.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна. Суффикс -ай в прозвищах встречается редко (сравните: Молчай, Кисляй), и он придаёт основе оттенок действия или свойства. Шнекай — это не просто «тот, кто связан со шнекой», а скорее «тот, кто шнекает» или «похожий на шнеку». Такая модель характерна для прозвищ, данных по поведению или внешности.

В писцовых книгах и архивных записях фамилия Шнекаев почти не встречается, что говорит о её редкости. В советское время носители фиксировались в основном в Ленинградской и Псковской областях, а также в Сибири — возможно, как потомки переселенцев с севера. Сословная принадлежность предков остаётся неясной: это могли быть как государственные крестьяне-поморы, так и посадские люди, промышлявшие рыбной ловлей. Но однозначно одно: основа фамилии — не личное имя, а конкретное слово из бытового обихода, и за ним стоит реальное занятие или примета человека.