Фамилия Шнигилев — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось, а суффикс -ев выдаёт географию. В основе лежит «шнигиль» — диалектное название снегиря. Птица эта в русских говорах (особенно южных и западных) звучала как «снигирь», «снегирь», а в некоторых областях — «шнигиль» с начальным «ш». Так что Шнигилев — это буквально «снегирёв», то есть предок получил прозвище Снегирь или Шнигиль за яркую внешность, красноватый оттенок лица или, возможно, за спокойный, несуетливый нрав — как у этой птицы.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й»: Шнигиль → Шнигилев. Такая модель типична для фамилий, возникших в центральных и южнорусских регионах, где мягкое окончание прозвища сохранялось. Если бы фамилия образовалась на севере или в Поволжье, скорее появился бы вариант Шнигилёв (с ударным окончанием) или Шнигилин. Написание через «е» без ё — результат поздней унификации в документах, хотя в быту фамилию нередко произносят как Шнигилёв.

С точки зрения социальной истории, фамилия Шнигилев — крестьянская или мещанская. Прозвища от названий птиц давали людям без фамилий в XV–XVII веках, а закрепились они как фамилии в основном после отмены крепостного права, когда потребовалась полная фиксация всех сословий. Родственными по корню можно считать Шнигирёва, Снигирёва, Снегирёва — все они восходят к той же птице, но через разные диалектные формы.

Встречается фамилия нечасто, преимущественно в Беларуси, Смоленской и Брянской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири. В дореволюционных метрических книгах можно найти написание «Шнигилевъ» с твёрдым знаком на конце — это стандартная орфография того времени, не меняющая смысла.