Фамилия Шныпикова — женская форма, а её мужской вариант Шныпиков образован по продуктивной модели на -ов. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Шныпь. Это слово в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу фамилии, стоит разобраться в контексте.

В диалектах русского языка «шныпь» — это либо «быстрое, юркое движение», либо «человек, который шныряет, суетливо ищет что-то». В некоторых областях так могли назвать непоседу, егозу или того, кто постоянно «шныряет» по делам. Есть и более прозаичная версия: в архангельских говорах «шныпь» означало «клюв» или «нос», особенно у птицы. Тогда прозвище Шныпь мог получить человек с длинным или острым носом — в русской традиции такие внешние признаки часто становились основой для фамилий.

Суффикс -ик в слове «шныпик» (от которого напрямую пошла фамилия) указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму: Шныпик — это либо «маленький шныпь», либо сын человека с прозвищем Шныпь. Таким образом, Шныпиков — буквально «сын Шныпика», и фамилия закрепилась за потомками того, кого в деревне звали Шныпь или Шныпик.

Географически фамилия встречается в основном в северных и центральных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — там, где диалектное слово «шныпь» было в ходу. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Шипиков, но это уже другая ветвь, связанная с «шипеть» или «шип». Для Шныпиковых именно севернорусские говоры дают наиболее достоверную привязку: предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище дали за характер или внешность.

Среди известных носителей фамилия не получила широкой известности, что типично для фамилий, образованных от редких диалектных основ. Это не делает её «проще» — наоборот, она сохранила локальный колорит и прямую связь с живой народной речью, которая сегодня почти утрачена.