Фамилия Шоханбаев — яркий пример восточного именования, перешедшего в русскую фамильную форму. Её основа сложена из двух тюркских компонентов: «шо» (или «шах») и «хан». «Шах» в переводе с персидского означает «владыка», «царь», а «хан» — тюркский титул верховного правителя, князя. Вместе они образуют усилительное составное имя Шахан (или Шохан), которое можно понять как «царь царей» или «великий хан». Такие удвоенные титулы были популярны в Средней Азии и Казахстане как знак особого уважения или как часть сложного личного имени.

Вторая часть — суффикс «-баев» — указывает на способ образования фамилии по русской модели, но с казахским корнем. В тюркских языках «бай» означает «богач», «хозяин», «господин». В составе фамилии он часто выполнял роль родового или патронимического показателя: Шоханбаев буквально — «сын (или потомок) Шоханбая». То есть исходное имя предка было Шоханбай — «богатый, как шах и хан», или «хан-богач». Со временем, при интеграции в русскую культуру, к этому имени добавили русский суффикс принадлежности «-ев», закрепив фамилию в привычном для славянского уха виде.

Географически фамилия Шоханбаев почти наверняка восходит к казахской или узбекской среде. В казахском ономастиконе такие «составные» имена с элементом «бай» (Баймурат, Байжан) чрезвычайно распространены. Удвоение титулов (шах + хан) встречается реже, но вполне логично для знатных или уважаемых родов. В отличие от русских фамилий, которые часто образовывались от крестильных имён или прозвищ по профессии, здесь мы видим прямую связь с социальным статусом и почётным прозвищем родоначальника.

В документах фамилия могла писаться по-разному: Шоханбаев, Шаханбаев, Шаканбаев — из-за особенностей передачи тюркских звуков (особенно «о» и «а») на русский лад. Но написание через «о» (Шоханбаев) — самый частый вариант, закрепившийся в паспортных системах Казахстана и России. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из семей, где ценились воинские или административные доблести, либо из состоятельных скотоводческих родов, где имя «бай» было не просто прозвищем, а указанием на достаток и власть.