Фамилия Шокобаев — редкий образец русской фамилии, образованной от тюркского прозвища. Её основа «Шокобай» состоит из двух частей: «шоко» и «бай». Вторая часть, «бай», в тюркских языках означает «богач», «господин», «хозяин» — типичный компонент многих восточных имен и прозвищ, указывающий на состоятельность или уважаемое положение человека. Первая часть, «шоко», может быть вариантом слова «чоко» (в некоторых тюркских диалектах — «чурка», «обрубок», «коротыш») или же восходить к глаголу со значением «бить», «ударять». Соответственно, прозвище Шокобай могло означать либо «богач-коротыш», либо «тот, кто бьёт богача» — второе, скорее всего, было шутливым или ироничным прозвищем для задиры или силача.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от отчества: Шокобаев буквально означает «сын Шокобая». Это типичная фамилия для регионов, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами — например, для Поволжья, Урала или Сибири. Встречается она преимущественно среди потомков крестьян или казаков, которые перенимали прозвища у соседей-татар, башкир или казахов.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных семей, расселившихся из одного села. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Шокобаевы фиксировались в Оренбургской и Уфимской губерниях — там, где смешанное население часто давало такие «пограничные» фамилии.

С точки зрения словообразования фамилия интересна тем, что сохранила исходный тюркский корень почти без изменений, в отличие от многих русифицированных вариантов (вроде Шокобаев — не Шокобов, где суффикс «-ов» стёр бы прозрачность основы). Это говорит о том, что прозвище было осмысленным для окружающих и не требовало адаптации. Других версий происхождения, кроме тюркской, у фамилии нет — славянских корней в ней не прослеживается.