Фамилия Шолли — редкая для России, и её происхождение почти наверняка не русское, а западноевропейское. В русском языке у неё нет славянской словообразовательной модели: отсутствуют типичные суффиксы -ов, -ин, -ский, которые превращают прозвище в фамилию. Это сразу указывает на то, что перед нами иноязычная основа, попавшая в русский контекст, скорее всего, через переселенцев.

Самый вероятный источник — немецкий или швейцарский вариант фамилии Scholli, Scholly или Schöll. В германских языках такая фамилия могла образоваться от прозвища, связанного с диалектным словом «Scholle» — глыба, ком земли, а в переносном смысле — «увалень» или «простак». Другой вариант: от уменьшительной формы имени Scholastikus (Шолостик) или от топонима Schöll — названия местности в Баварии или Австрии. В любом случае, носитель такой фамилии в прошлом — выходец из немецкоязычных земель.

В России фамилия Шолли могла появиться в XVIII–XIX веках среди немецких колонистов, приглашённых Екатериной II осваивать Поволжье. Также она встречается у обрусевших немцев Прибалтики или у потомков иностранных специалистов (врачей, инженеров, аптекарей), работавших в Петербурге и Москве. Не исключён и французский след: фамилия Chollet (Шолле) при транслитерации могла дать вариант «Шолли», но это менее вероятно из-за разницы в произношении.

Ударение в русском языке чаще всего падает на первый слог: Шо́лли. В письменных источниках фамилия почти не фиксируется — её нет в массовых дореволюционных списках мещан и крестьян, что говорит о малочисленности рода. Сегодня носители фамилии Шолли в России — это, как правило, потомки тех самых немецких переселенцев, чьи предки сохранили исходное написание при адаптации к кириллице.