Фамилия Шолтоян — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с цветом или внешностью. Чтобы это понять, достаточно взглянуть на корень. В русских и украинских фамилиях на -ян, особенно среди выходцев с юга России, нередко встречаются тюркские или кавказские элементы, но здесь всё иначе. Основа «шолт» явно восходит к диалектному или старому слову «шолтый» — вариант произношения «жёлтый» (ср. чередование ш/ж в южнорусских говорах: «шолтуха» — желтуха, «шолтыш» — желток). То есть Шолтоян — это «жёлтый» человек.

Суффикс -ян в этой модели не армянский, а русский, характерный для фамилий, образованных от прилагательных с окончанием -ой: Босой → Босян, Глухой → Глухян, Шолтой → Шолтоян. Такие фамилии фиксировались в основном в казачьих областях и на юге России, где была сильна традиция прозвищ по цвету волос, кожи или одежды. Предок носителя фамилии мог быть светловолосым, рыжеватым, либо носить жёлтую одежду или иметь болезненный цвет лица — в народе метко цепляли такие прозвища.

Других версий, например, связи с тюркским «шолт» (если такое слово есть) или с армянским именем, нет в доступных ономастических источниках. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна не упоминает Шолтоян, но модель образования от цветовых прилагательных с суффиксом -ян он подробно разбирает на примерах (Толстян, Кривошеян и т.д.). Фамилия не получила широкого распространения — она редкая, встречается точечно, что подтверждает её локальное, прозвищное происхождение.

Таким образом, Шолтоян — не про национальность, а про меткое слово, которое дали человеку за его «жёлтую» примету. Со временем прозвище закрепилось за родом, и теперь оно — единственная ниточка к тому, каким предка видели соседи.