Фамилия Шоменко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко, означающий «сын» или «потомок», был особенно распространён в Левобережной Украине, Поднепровье и Слобожанщине. В буквальном смысле Шоменко — это «сын Шомы».

Сложность и интерес фамилии — в основе. Имя Шома не является ни каноническим церковным, ни распространённым славянским. Скорее всего, это усечённая форма от крестильного имени Иероним или Соломон. В украинской народной традиции длинные имена часто сокращали до первого слога: Соломон — Соломка — Шолом — Шома. Версия с Иеронимом менее вероятна, но тоже возможна: в просторечии имя могло редуцироваться до Шома. В обоих случаях прозвище Шома закреплялось за человеком, а его дети становились Шоменками.

Есть и вторая, более прозаичная версия. В южнорусских и украинских говорах слово «шом» или «шомка» иногда обозначало шум, гам, суету. Человека могли прозвать Шомой за беспокойный нрав, крикливость или привычку создавать вокруг себя суматоху. Эта версия менее популярна среди ономастов, но имеет право на существование как пример прозвища по характеру.

Фамилия Шоменко встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В России фамилия редкая, чаще всего её носители — выходцы с Украины в третьем-четвёртом поколении.

Таким образом, Шоменко — это типичная украинская патронимическая фамилия, образованная от разговорного сокращения крестильного имени или, реже, от прозвища. Её носитель — потомок человека по имени или прозвищу Шома.