Фамилия Шонасратов — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. Если отбросить суффикс -ов, который в русских фамилиях обозначает принадлежность («чей?»), остаётся корень Шонасрат. В русском языке такого слова нет, а значит, перед нами либо искусственная фамилия советского времени, либо заимствование из восточных языков.

Самая вероятная версия — фамилия образована от личного имени или прозвища, которое в свою очередь восходит к арабскому «шана'» (позор, бесчестье) или тюркскому «шона» (разновидность птицы, возможно, сокол) в сочетании с компонентом «срат». В тюркских языках «срат» может означать «ряд», «линия» или быть искажённым «сурат» (образ, лицо). Если предположить, что исходная форма — Шонасрат, то это сложносоставное имя с семантикой «образ сокола» или, менее лестно, «позорный ряд».

Однако есть и более прозаичное объяснение. Фамилия могла возникнуть в результате ошибки писаря или намеренного искажения при переписи. Например, от фамилии Шонасратов могли «отпасть» буквы, или же её переделали из фамилии типа Шонасранов (от имени Шонасран). В любом случае, носители фамилии, скорее всего, имеют корни в регионах с тюркским или арабо-персидским влиянием — Поволжье, Кавказ, Средняя Азия, где смешение языков давало такие необычные словоформы.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлена по русской модели, что типично для крещёных народов или для тех, кто входил в состав Российской империи и получал документы на русском языке. Сословная принадлежность предков неизвестна, но подобные фамилии нередко встречались у крестьян и мещан, чьи прозвища записывали на слух, не задумываясь о точном значении.