Фамилия Шонгуров — одна из тех, чью основу не найти в словарях древнерусских имён или названий профессий. Её корень «шонгур» не имеет очевидных славянских параллелей, и это сразу задаёт направление поиска: скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русской моделью на -ов.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское прозвище или имя Шонгур (Шунгур, Шангар). В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, казахском, слово «шонкар» или «шункар» означает «сокол», «кречет» — благородная хищная птица. Фонетический переход «шонкар» → «шонгур» возможен в диалектах: озвончение «к» в «г» перед гласным встречается в разговорной речи. Прозвище Шонгур могли дать человеку за острый взгляд, стремительность, гордую осанку или за сходство с птицей. В тюркской ономастике имена-тотемы из мира хищных птиц — распространённое явление.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Забайкалье есть река Шонгуй, а на Кольском полуострове — станция Шонгуй. В этом случае фамилия могла образоваться от прозвища выходца с тех мест: «шонгуров» — «житель с Шонгуя». Но такая привязка менее надёжна, потому что фамилия Шонгуров встречается в Поволжье и на Урале, где тюркские корни исторически преобладают.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Шонгуров», то есть сын или потомок Шонгура. Фамилия не дворянская и не крестьянская в узком смысле — она могла появиться у служилых татар, башкир, казаков или крещёных тюрков, которые переходили на русскую фамильную систему в XVI–XVIII веках.

Встречаемость фамилии сегодня невысокая, но устойчивая: Шонгуровы живут в Оренбургской, Челябинской областях, в Татарстане и Башкортостане. Есть однокоренные варианты — Шангуров, Шунгуров, Шонгаров. Все они, скорее всего, восходят к одному источнику — прозвищу от названия хищной птицы, которое давали сильному, зоркому или независимому человеку.