Фамилия Шонгутская — редкая, и её происхождение напрямую связано с местом, откуда пошёл род. Это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, характерной для польской, украинской и западнорусской шляхты: основа названия населённого пункта плюс суффикс -ск-/-цк- и окончание -ая (женский род), -ий (мужской). Мужской вариант фамилии — Шонгутский.

В центре разбора — корень «Шонгут». Скорее всего, это топоним: название села, деревни или урочища. На картах встречаются похожие названия: например, Шонгуты (или Шонгут) — населённые пункты в Беларуси и на западе России. Точное местоположение установить сложно, но географический ареал фамилии указывает на западные регионы: Беларусь, Смоленщина, Псковщина. Если фамилия действительно происходит от названия деревни, то предок носителя — человек, который либо владел этим селом (помещик, шляхтич), либо был оттуда родом и получил прозвание по месту выхода.

Само слово «Шонгут» — не русского происхождения. Вероятнее всего, это балтский или финно-угорский субстрат, адаптированный славянами. В балтийских языках есть корни, связанные с водой, болотом или лесом (ср. лит. šungas — «извилина», «лука»). Возможно, первоначально это было название речки или болотистой местности. Встречается также версия, что «шонгут» — искажённое тюркское или монгольское слово, но для западного ареала это маловероятно.

Фамилия Шонгутская почти наверняка не крестьянская. Суффикс -ский/-цкий в старину закреплялся за дворянскими или служилыми родами (в отличие от простых -ов/-ев и -ин). Если предок был крестьянином, он получил бы фамилию по отцу, а не по названию села. Поэтому носители фамилии — потомки мелкопоместной шляхты, однодворцев или казачьей старшины, которые записывались по имени своего поместья или хутора.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных Шонгутские единичны, что подтверждает: род не разросся широко, а сохранился в локальном гнезде. Это делает фамилию ценной для семейной истории — найти её следы проще, чем у массовых Ивановых, потому что круг возможных предков узок.