Фамилия Шонжанова — редкий случай, когда географический след в фамилии почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа, «Шонжан», с высокой вероятностью указывает на казахское или тюркское происхождение. В казахском языке «шонжан» — это название топонима, конкретно горной местности и перевала в Восточном Казахстане (хребет Тарбагатай). Человек, получивший такое прозвание, скорее всего, был выходцем оттуда — либо его предки перекочевали с этих земель, либо само прозвище закрепилось за ним как указание на место рождения или жительства.

Суффикс «-ова» в данном случае — адаптация к русской модели образования фамилий. Женская форма Шонжанова, соответственно, происходит от мужской Шонжанов. Это типичный для тюркских фамилий в русском оформлении суффикс принадлежности: буквально «из рода Шонжана» или «относящийся к местности Шонжан». Если бы фамилия осталась в исконной тюркской среде, она могла бы звучать как Шонжанулы (сын Шонжана) или Шонжанкызы (дочь Шонжана).

Встречается также версия, что «шонжан» — это не топоним, а искажённое диалектное слово, связанное с родом занятий. В некоторых тюркских говорах «шон» означает «большой», «крупный», а «жан» — «душа», что могло дать прозвище «человек с большой душой» или «щедрый». Но эта гипотеза менее убедительна: для прозвища обычно берут более конкретные признаки (внешность, профессия, поведение), а составные конструкции с «жан» чаще встречаются в личных именах (например, Жанболат, Кожанжан).

Наибольшая концентрация носителей фамилии Шонжанова — в Казахстане и среди казахов, проживающих в приграничных с Казахстаном регионах России (Оренбургская, Астраханская области). В русских метрических книгах XIX века эта фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её позднее, по сути советское, закрепление в официальных документах при паспортизации. Таким образом, предки современной Шонжановой — это, скорее всего, скотоводы или земледельцы из Восточного Казахстана, чьё родовое или географическое прозвание было записано уже в XX веке.