Фамилия Шопшинова — редкий пример, где корень почти наверняка не славянский, а тюркский или кавказский. Основа «шопш» или «шопшин» не встречается в древнерусских именах и прозвищах, зато хорошо ложится на фонетику тюркских языков, где «шоп» может означать «сор», «мусор», а в переносном смысле — «мелочь», «ерунда». В карачаево-балкарском, кумыкском или ногайском языках есть слово «шоп» (сорняк, трава), а суффикс «-шин» мог указывать на принадлежность: «шопшин» — «тот, кто связан с сором или травой». Скорее всего, прозвище Шопша или Шопшан дали человеку за какую-то особенность — возможно, за невысокий рост, худобу или даже за профессию, связанную с уборкой или земледелием.

Окончание «-ова» — русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии в документах. Это типичная картина для народов Северного Кавказа и Поволжья: местное имя или прозвище русифицировали по стандартной модели, превратив Шопшина (сына Шопши) в Шопшинову. Географически фамилия встречается в Дагестане, Чечне и Ставропольском крае, что подтверждает её горское происхождение.

Есть и другая, менее вероятная версия: корень мог быть заимствован из идиша или немецкого, где «Schops» — молодой баран. Но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Шопсов или Шопсман. Для Шопшиновой тюркская этимология убедительнее: она объясняет и редкую форму, и ареал бытования. Предки носителя фамилии — вероятно, крестьяне или скотоводы из тюркоязычной среды, получившие фамилию по прозвищу в XIX — начале XX века при переписях.