Скорее всего, фамилия Шошоя образована от грузинского мужского имени Шошо, которое, вероятно, связано с курдским словом «шош» - «полый, неплотный». Однако нельзя исключить, что в основе этой фамилии лежит название села Шош (другое название — Шушикенд), расположенного в Нагорном Карабахе. В таком случае фамилия Шошоя может указывать на место жительства основателя рода.