Фамилия Шовдыгова — редкая, и её разумнее рассматривать в паре с мужской формой Шовдыгов. Она явно не входит в число распространённых русских фамилий и, скорее всего, имеет нерусское происхождение, адаптированное русским суффиксом.

Ключ к разгадке — в основе «Шовдыг». Вероятнее всего, это искажённая или фонетически переработанная форма тюркского или кавказского имени или прозвища. В тюркских языках (например, кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) корень «шов» или «чов» может быть связан со значением «быстрый», «резвый», «проворный». Суффикс «-дыг» характерен для тюркского словообразования, часто образуя прилагательные или существительные со значением качества. Таким образом, прозвище Шовдыг могло означать «быстрый», «юркий» или «ловкий человек».

Русский суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «чей?» — «Шовдыгов», то есть «сын (или потомок) Шовдыга». Фамилия могла возникнуть в среде, где русские писцы или чиновники записывали местное прозвище на слух, адаптируя его к привычной модели фамилий на -ов. Женская форма Шовдыгова — это, соответственно, «жена или дочь Шовдыгова».

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, где веками соседствовали тюркские народы и русское население. Встретить её можно среди кумыков, ногайцев или в казачьей среде Терской области. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта фамилия — чисто прозвищная, отражающая личную характеристику предка. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: от крестьян до казаков, но фамилия не дворянская и не княжеская — её основа слишком бытовая и утилитарная.