Фамилия Шойматов образована от прозвища или личного имени Шоймат. Основа «Шой-» — это тюркский корень, восходящий к слову «шой» (в разных диалектах — «глина», «ил» или «топкое место»). Вторая часть, «-мат», — распространённый в тюркских языках суффикс со значением обладания или принадлежности (ср. узбекское «мат» — «имеющий»). Таким образом, Шоймат буквально означает «тот, кто связан с глиной» или «живущий у глинистого места». Это типичное для Средней Азии и Поволжья прозвище, которое давали человеку по месту жительства или роду занятий — например, гончару, строителю из самана или жителю болотистой низины.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии указывает на русскую модель адаптации: так оформляли фамилии при переписях и в документах Российской империи, особенно в среде татар, башкир и народов Средней Азии, входивших в состав государства. Шойматов — типичная фамилия-патроним, то есть «сын Шоймата». Встречается она преимущественно у башкир, татар и узбеков, а также у казахов (в форме Шойматов или Шойматулы). Географически фамилия чаще всего фиксируется в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области и в Узбекистане.

В отличие от многих фамилий, где основа легко восстанавливается до арабского или персидского имени, «Шоймат» — исконно тюркское образование, не связанное с исламским именословом. Это делает фамилию редкой по происхождению: она не происходит от имени пророка или сподвижника, а от бытового, географического или профессионального признака. В дореволюционных источниках встречаются варианты написания — Шайматов, Шойматов, Шуйматов, что связано с диалектным произношением гласных в тюркских языках.

Сословная принадлежность носителей фамилии в XIX веке была разной: среди Шойматовых встречались и крестьяне-башкиры, и мелкие торговцы, и сельские муллы. Дворянских родов с этой фамилией нет — она не попала в «Бархатную книгу» или Гербовник, оставаясь фамилией простых людей. Однако именно это делает её ценной для генеалогии: по ней можно проследить миграции тюркских народов и историю освоения земель от Урала до Сырдарьи.

Единственная особенность, которая выделяет Шойматовых среди однокоренных фамилий (Шоймуратов, Шойбеков), — это отсутствие в основе арабского компонента. Если «Шоймурат» содержит имя Мурат (от араб. «мурад» — цель, желание), то «Шоймат» — чисто тюркская конструкция, что встречается реже. Поэтому при поиске предков стоит обращать внимание не на религиозные, а на географические и хозяйственные архивы: писцовые книги, земельные кадастры и записи о ремесленных слободах.