Фамилия Шойжапов звучит как типичная восточная, но на самом деле она русская по форме и бурятская по происхождению. Её основа — личное имя Шойжап, которое пришло в русский язык из бурятского через тибетский буддизм. Суффикс -ов указывает на модель образования русских фамилий: «чей?» — «Шойжапов», то есть потомок или человек из рода Шойжапа. Это типичный пример, как инородное имя обрастало русским патронимическим суффиксом в XIX–XX веках, когда буряты массово получали фамилии по отцу.

Имя Шойжап восходит к тибетскому «чойжаб» (chos skyabs), что переводится как «защитник веры» или «прибежище Дхармы». В буддийской традиции такие имена давали мальчикам в семьях, где почитали ламу или хотели подчеркнуть религиозную принадлежность. В бурятской ономастике встречаются варианты Шойжапов, Шойжопов, а также родственные Шойдоржиев, Шойбонов — все они образованы от имён с корнем «шой» (чой, учение). Фамилия Шойжапов распространена в Бурятии, особенно в Заиграевском и Хоринском районах, а также среди бурят Иркутской области.

Поскольку фамилия фиксирует имя отца, предки носителя Шойжапова жили не позже рубежа XIX–XX веков. Скорее всего, они были скотоводами или охотниками, но не исключено, что в роду был лама или грамотный человек, давший сыну «учёное» имя. В советское время фамилия не менялась, так как её основа не несла классовой или антирелигиозной окраски — слово «Шойжап» для небурятского уха звучало просто как редкое сочетание звуков. Сегодня фамилия остаётся малочисленной: точной статистики нет, но в открытых базах данных встречается нечасто, что делает её хорошим маркером бурятских корней.