Фамилия Шпытковский — редкий пример, где за шляхетским по звучанию суффиксом -ский скрывается не польское или украинское происхождение, а, скорее всего, прозвище из говоров северо-запада России.

Основа фамилии — слово «шпыток» или «шпыткий». В псковских и тверских говорах «шпытким» называли бойкого, пронырливого, расторопного человека, того, кто любит подшутить или уколоть словом. В белорусском языке «шпыт» означает насмешку, колкость. Таким образом, первый носитель фамилии получил прозвище Шпытко по своему характеру — острый на язык, неусидчивый или сметливый. Модель образования проста: к прозвищу Шпытко добавили типичный для восточнославянских фамилий суффикс -овск- (Шпытковский), который часто оформлял фамилии по названию имения или населенного пункта, но здесь сработал как форма притяжательности: «сын того, кого звали Шпытко».

Версия о происхождении от названия населенного пункта Шпытки или Шпытковка возможна, но менее вероятна: такие топонимы крайне редки и, скорее всего, сами произошли от того же прозвища, а не наоборот. Географически фамилия тяготеет к западу России и востоку Беларуси — зоне контакта русских и белорусских говоров.

Интересная деталь: в польском языке есть слово szpyt (шпыт) — «шип, колючка», но фамилия Шпытковский не вписывается в типичную польскую ономастику. Скорее всего, это результат обратного процесса: не польская фамилия, пришедшая на Русь, а местная, просто получившая «благородный» суффикс при оформлении в XIX веке, когда крестьянам и мещанам давали фамилии по патронимической модели с -ский.

В современной России фамилия встречается единично, в основном в Псковской, Смоленской и Ленинградской областях. Носителей мало, что подтверждает её узколокальное происхождение от конкретного прозвищного корня, не превратившегося в массовую модель.