Фамилия Штовфун — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она имеет немецкие или еврейские (ашкеназские) корни, попав в русскую среду через западные или южные губернии Российской империи. Основа фамилии — «Штовфун» — может быть искажённым вариантом немецкого слова или прозвища. Наиболее вероятная версия: от немецкого Stoff («материя, ткань, вещество») и Fund («находка, открытие»). В таком случае прозвище могло относиться к торговцу тканями или человеку, который «нашёл» какой-то ценный материал. Менее распространённая гипотеза — связь с диалектным Stoffel (уменьшительное от имени Кристоф), которое в русской записи превратилось в «Штовфун» через переосмысление.

Суффикса в фамилии нет, так как она не русифицирована типичными окончаниями -ов, -ин или -ский. Это указывает на позднее закрепление фамилии в документах, возможно, уже в XIX веке, когда иноязычные прозвища фиксировались без переделки. Встречается фамилия преимущественно на юге и западе бывшей Российской империи — в Одесской, Херсонской, Волынской губерниях, где были немецкие колонии и еврейские местечки. Если предки носили эту фамилию, они могли быть ремесленниками-суконщиками, мелкими торговцами или переселенцами из немецких княжеств.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Штовба, Штоф, Штоффер) подтверждает связь с тканями или ёмкостями для жидкостей (штоф — мера объёма). Но «Штовфун» стоит особняком: вторая часть «-фун» нехарактерна для славянских окончаний, что делает её почти уникальной. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не упоминается — она слишком редка для обобщений, но её структура типична для немецких фамилий-композитов, которые в России упрощались на слух.