Фамилия Штуфанова — женская форма фамилии Штуфанов. Её основа — прозвище или мирское имя Штуфан, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «сын Штуфана». В отличие от более частых фамилий на -ин, здесь работает патронимический суффикс, который в русском языке закрепился за основами, оканчивающимися на твёрдый согласный.

Самая вероятная версия происхождения корня — профессиональная. Слово «штуф» (от немецкого Stufe — ступень, степень) в горном деле и металлургии XVIII–XIX веков означало образец руды, кусок породы определённого размера, взятый для анализа. На Урале и в Сибири, где активно развивалась горнодобывающая промышленность, «штуфом» называли и сам кусок руды, и человека, который этим занимался — мастера по отбору проб. Прозвище Штуфан могли дать либо горному мастеру, либо старателю, который умел «на глаз» определить качество породы. Есть и более бытовая версия: в южнорусских говорах «штуфа» — это нечто вроде «штуки», «вещи», и прозвище могло закрепиться за человеком со странностями, «штучкой» (ср. диалектное «штукар» — проказник, выдумщик).

Фамилия Штуфанов (и Штуфанова) географически тяготеет к регионам, связанным с горным делом: Урал, Алтай, Забайкалье. Встречается она нечасто, что говорит о её узкопрофессиональном или локальном происхождении. По сословной принадлежности предки Штуфановых скорее всего относились к мастеровым или горнозаводским крестьянам, а не к дворянству — в родословных книгах эта фамилия не фиксируется. Интересна параллель с фамилией Штубендорф (немецкая по происхождению) — но Штуфанов, в отличие от неё, явно обрусевшая форма, адаптированная русским суффиксом.

В написании фамилии возможны варианты с одной «ф» (Штуфанова), но это скорее опечатка или упрощение при записи. Ударение, судя по типовой модели, падает на второй слог: Штуфа́нова.