Фамилия Штуюнда — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с диалектным глаголом. Если отбросить суффикс -а, который в русских фамилиях часто встречается в украинских и белорусских вариантах (как указание на мужской род, ср. Гуля, Вернигора), остаётся корень «штунд».

Самая вероятная версия отсылает к немецкому слову Stunde («час») и связанному с ним глаголу stunden (давать отсрочку, назначать время). В южнорусских и украинских говорах XIX века бытовало слово «штунда» — так называли час, а также перерыв в работе или время отдыха. Прозвище Штунда могли дать человеку пунктуальному, либо, наоборот, тому, кто любил делать перекуры и «штунды» (отдых по часам). Не исключён и ироничный вариант: так могли назвать медлительного работника, который всё делал «по часам», строго по времени.

Другая, более тёмная версия связывает фамилию с религиозным движением штундистов (от нем. Stunde — «час» молитвенных собраний), возникшим на юге Российской империи в середине XIX века. Прозвище Штунда могло пристать к человеку, который придерживался этого течения, либо к тому, кто вёл себя набожно, «по-штундистски». Однако в таком случае фамилия образовалась бы скорее с суффиксом -ов (Штундов), а окончание -а указывает на украинскую или белорусскую среду, где штундизм был менее распространён.

Суффикс -а в фамилии Штуюнда стоит особняком. Он не характерен ни для русских, ни для украинских фамилий в такой форме. Возможно, это результат адаптации немецкой фамилии Stunde или Stundt через польское или белорусское посредничество, где конечное -а стало родовым окончанием. В таком случае носитель фамилии мог быть потомком немца-колониста или ремесленника, которого на русской почве прозвали «Штунда» за пунктуальность или за то, что он работал строго по часам.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на западе бывшей Российской империи — в Беларуси и на Волыни. Это косвенно подтверждает версию о немецком или польском происхождении, так как именно там оседали немецкие колонисты, а фамилии на -а типичны для белорусской ономастики.