Фамилия Шубинкин — редкий пример двойного суффикса, который сразу выдает её «вторичное» происхождение. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шубин. Но здесь к основе Шуб- добавили сначала уменьшительный суффикс -к-, а потом уже -ин. Получилась фамилия от прозвища или имени Шубка, а не напрямую от слова «шуба».

Исходное прозвище Шуба (или Шубка) в Древней Руси давали не только тому, кто торговал или шил шубы. «Шубой» могли назвать человека, который постоянно носил меховую одежду, — признак достатка, а иногда ирония над тем, кто кутается не по погоде. В новгородских и псковских землях слово «шуба» имело и переносное значение: так называли густую шерсть или мохнатого зверя, но для прозвища это вряд ли подходит.

Фамилия Шубинкин — «внуковая» форма. Сначала от Шубы образовали Шубку (сына или младшего), а уже от Шубки — Шубинкина, то есть потомка Шубки. Такая цепочка встречается реже, чем прямое прибавление суффикса, и говорит о том, что фамилия складывалась в среде, где ценили родственные связи через поколение. Чаще всего подобные модели встречались в северных и центральных губерниях России.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» разбирается модель с суффиксом -кин от уменьшительных форм, но сам Шубинкин не упоминается — фамилия довольно редкая. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что совпадает с зоной позднего закрепления фамилий у крестьян. Вероятно, предки Шубинкиных были государственными или помещичьими крестьянами, которые получили фамилию по прозвищу основателя рода лишь в XVIII–XIX веках.

Сравните с однокоренными Шубин, Шубкин, Шуба. Шубинкин стоит особняком: если Шубиных в России десятки тысяч, то Шубинкиных — единицы. Это не ошибка переписи, а сознательное сохранение трёхступенчатой модели, что делает фамилию ценной для генеалогов. Если вы встретили Шубинкина, скорее всего, перед вами потомок человека, которого в своём кругу звали Шубкой, и это прозвище запомнили через поколение.