Фамилия Шубников образована от прозвища Шубник. Скорее всего, оно относится к так называемым "профессиональным" именованиям, содержащим указание на деятельность человека (на это указывает суффикс -ник). Поэтому можно предположить, что Шубником называли мастера по пошиву шуб. Веселовского упоминаются родственные фамилии: Шубаев Ананий Максимович, 1535 г., Пошехонье; Шубарников Вохно, крестьянин, 1559 г., Обонежье; Шубинский Ратман Тимофеевич, новик, сын выезжего иноземца, 1596 г., Углич; Шубинские, конец XVI в. и позже, Углич. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шубник, со временем получил фамилию Шубников.