Фамилию Шуборев стоит разбирать с суффикса, а не с корня. Модель «Шуб- + -орев» нелогична для русского словообразования, поэтому правильнее выделить основу «Шубор» и типичный патронимический суффикс -ев. То есть Шуборев — буквально «сын Шубора». А вот что такое «Шубор» — главный вопрос.

Самая прямая версия: Шубор — это прозвище, связанное с ремеслом. В некоторых русских говорах «шубор» значило «шуба», то есть верхняя меховая одежда. Человек мог получить такое прозвище за то, что шил шубы, торговал ими или просто постоянно ходил в меховой одежде. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Шуборев — не единственная в этом ряду: существуют однокоренные Шубин, Шубников, Шубов, и все они тяготеют к северным и центральным губерниям России, где скорняжное дело было развито.

Есть и более сложная, но тоже возможная версия: связь с диалектным глаголом «шуборить» — шуметь, возиться, делать что-то неаккуратно. В этом случае Шубор — прозвище суетливого или неспокойного человека. Однако эта версия слабее: глагол редок, а фамилии от него почти не встречаются, тогда как «шубный» ряд — устойчивый и многочисленный.

Интересно, что фамилия Шуборев не входит в число распространённых дворянских фамилий, и в дореволюционных списках она чаще всего встречается у крестьян и мещан. Географически она не привязана к одному региону: носители есть и на Вологодчине, и на Урале, и в Поволжье. Это говорит о том, что фамилия возникла в разных местах независимо — каждый раз от местного прозвища Шубор, которое могли дать и скорняку, и просто человеку с громким голосом.