Фамилия Шудуря — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить очевидные и маловероятные версии, вроде связи с «шудра» (низшая варна в индуизме), то наиболее правдоподобным выглядит объяснение через диалектную или иноязычную основу.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое закрепилось в форме родительного падежа с окончанием -я. В русской ономастике такая модель встречается в западнорусских и украинских землях, где фамилии на -я, -а нередко происходят от уменьшительных форм имён или прозвищ. Основу «Шудур» можно связать с глаголом «шудырить» в некоторых говорах, что значит «хитрить, лукавить, делать что-то исподтишка». Человека с таким прозвищем могли назвать Шудуря — то есть хитрец, пройдоха. Возможно также, что это вариант фамилии Шудура, где конечное -я — результат украинского или белорусского произношения.

Вторая версия отсылает к тюркским языкам. Корень «шуд» или «чуд» в ряде тюркских наречий означает «вода, река» или «поток». Суффикс -ур мог образовывать прилагательное или существительное, а окончание -я — адаптировать слово под славянскую фамильную модель. Тогда Шудуря — это «речной человек» или «живущий у воды». Такое объяснение правдоподобно для южнорусских или казачьих регионов, где смешение с тюркскими народами было обычным делом. Однако убедительных лингвистических подтверждений этой версии в доступных источниках нет.

Фамилия крайне редкая. Поиск по открытым базам показывает, что носители Шудуря встречаются в основном на западе России, в частности в Брянской области, а также в Беларуси. Это косвенно подтверждает первую гипотезу о западнорусском происхождении. Встречается и написание через «ё» — Шудёря, что характерно для местного произношения.

Социально фамилия не несёт следов дворянства или духовенства. Скорее всего, она крестьянская или мещанская, что типично для поздних фамилий, закреплённых в XIX веке. Анализ суффикса здесь не работает: окончание -я не является фамильным суффиксом вроде -ов или -ин, а представляет собой застывшую форму прозвища. Именно это и делает фамилию уникальной — она сохранила исходное прозвище почти без изменений, а не превратилась в притяжательное прилагательное.