Фамилия Шуэль — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию в результате миграций или исторических контактов, и её разбор требует взглянуть на карту Европы.

Наиболее вероятная версия — немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В немецком языке фамилия Schüel (или Schuel) могла образоваться от средневерхненемецкого schüel — «косоглазый» или «кривой». Это было бы прозвище, данное человеку с характерной внешностью, которое затем закрепилось за его потомками. В пользу этой гипотезы говорит и типичный для немецких фамилий суффикс -el (уменьшительно-ласкательный или прозвищный). В России такие фамилии могли появиться у поволжских немцев, колонистов XVIII–XIX веков, или у еврейского населения черты оседлости, где немецкий язык был языком администрации и быта.

С другой стороны, если отбросить германский след, можно предположить искусственное или книжное происхождение. В редких случаях фамилия могла быть образована от библейского имени Шуэль (вариант имени Саул или Шауль — «испрошенный у Бога»). Однако это маловероятно для русской среды, так как в православных святцах такого имени нет, а в еврейской традиции отчества от имени Шауль обычно образуются по другой модели (Шаулов, Шаулян).

Окончание -ь в русском написании — чисто графическое. Фамилия склоняется как существительное мужского рода (Шуэля, Шуэлю), а в женском варианте, скорее всего, не склоняется (Анна Шуэль). Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, вероятно, сосредоточены в тех регионах, где исторически жили немецкие колонисты (Поволжье, юг Украины, Санкт-Петербургская губерния) или в крупных городах с еврейским населением. В дворянских родословных книгах и старых переписях она не встречается — это фамилия, скорее, мещанского или крестьянского сословия, попавшая в Россию «снизу», через бытовые контакты.