Фамилия Шуева — женская форма фамилии Шуев, а она, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шуй. Самая очевидная и распространённая версия связывает основу с названием города Шуя (ныне в Ивановской области). В этом случае предок носителя фамилии был выходцем из Шуи, то есть «шуянин» или «шуйский», а в обиходе его могли звать просто Шуй. Такие «географические» фамилии типичны для русского Севера и центральной России: человека называли по месту, откуда он пришёл, и это прозвище закреплялось за детьми.

Однако есть и другая, более древняя версия, уходящая в диалекты. В северных говорах слово «шуй» или «шуя» означало «левый», «левша». В старину «шуйца» — левая рука. Прозвище Шуй могли дать леворукому человеку или тому, кто всё делал не так, как принято, «левой рукой». Суффикс -ев указывает на принадлежность: Шуев — сын Шуя. Интересно, что в русской ономастике эта модель редка: обычно фамилии от «левого» образуются через суффикс -ин (Левшин), а здесь мы видим именно -ев, что может говорить о древности прозвища или его особом диалектном бытовании.

Третий, менее вероятный вариант — связь с тюркским именем Шуй (вариант Шуайб) или с финно-угорским корнем, но для фамилии, распространённой в центральных областях России, славянские объяснения выглядят убедительнее. Фамилия Шуева не принадлежит к дворянским и не встречается в родословных книгах — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди из Владимирской, Костромской или Ярославской губерний, где город Шуя был заметным торговым центром.