Фамилия Шугжденис — редкий случай в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский, эта фамилия имеет иное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия литовская или жемайтийская, записанная кириллицей. В литовском языке фамилии мужского рода часто оканчиваются на -ис, -ас, -ус, а женского — на -ене, -уте. Форма «Шугжденис» явно тяготеет к литовской модели: основа «Шугжд-» плюс типичный литовский суффикс -енис (вариант -ėnis), указывающий на принадлежность или происхождение.

Корень фамилии, вероятно, связан с литовским словом šūgždėti — шуршать, шелестеть, или с диалектным šugždas — нечто шершавое, грубое. В таком случае прозвище Шугжда или Шугжденис мог получить человек с хриплым голосом, шаркающей походкой или, в переносном смысле, неуживчивый, «шершавый» по характеру. Менее вероятна, но возможна связь с топонимом: в Литве есть несколько мелких хуторов с названиями типа Šugždinė, откуда мог выйти родоначальник этой фамилии.

На русской почве фамилия Шугжденис почти не встречается. Единичные носители фиксируются в Калининградской области и на северо-западе России — в регионах, исторически связанных с Литвой и Жемайтией. В польском языке аналогом могла бы быть фамилия Szugżdenis, но и там она крайне редка. Таким образом, фамилия Шугжденис — это не русская фамилия в узком смысле, а литовская по происхождению, сохранившая свою национальную форму окончания. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мелкими землевладельцами из числа балтийских народов, живших на территории современной Литвы или исторической Жемайтии.