Фамилия Шухатаев — редкий пример, где корень, скорее всего, не русский, а тюркский, но фамилия оформлена по русской словообразовательной модели. Основа «шухат» (или «шухата») не встречается в славянских языках, зато имеет прозрачные параллели в башкирском, татарском и казахском. В этих языках «шухат» (шугат) может означать «радость», «веселье» или быть вариантом личного имени Шухат, которое, в свою очередь, восходит к арабскому «шаукят» — «сила», «мощь». Таким образом, Шухатаев — это патроним (фамилия по отцу) от тюркского имени или прозвища Шухат.

Суффикс «-ев» (а не «-ов») указывает на то, что основа исходного имени оканчивалась на мягкий согласный или на «-а». Если бы имя звучало как Шухат, мы бы получили вариант Шухатов. Форма Шухатаев закрепляет за основой «Шухата» — вероятно, это была диалектная или обиходная форма имени, либо прозвище, образованное с помощью аффикса принадлежности. По такой же модели построены фамилии Батаев, Катаев, Сатаев.

Географически фамилия Шухатаев тяготеет к южному Уралу и Поволжью. Встречается у башкир, татар, реже — у казахов. В дореволюционных записях по Оренбургской и Уфимской губерниям можно найти носителей этой фамилии среди крестьян и казаков. Сословно это, скорее всего, недворянская фамилия: она не фигурирует в родословных книгах русского дворянства, а значит, предки были либо государственными крестьянами, либо служилыми людьми из «инородцев», которые после крещения или перехода в православие получали фамилию по отцу.

Интересная деталь: в некоторых башкирских родословных (шежере) имя Шухат встречается как имя родоначальника. Если это так, то фамилия Шухатаев — одна из тех, что сохранила память о конкретном человеке, жившем, возможно, в XVII–XVIII веках, чьё имя не затерялось в веках, а перешло в фамилию. Других версий происхождения — от прозвища, связанного с профессией или внешностью, — для этой фамилии нет, корень явно антропонимический.