Фамилия Шукилёв — редкий пример, где за привычным суффиксом -ёв скрывается неочевидная основа. В русских фамилиях суффикс -ёв обычно указывает на принадлежность: «чей?» — отца или хозяина. Но в случае с Шукилёвым исходное слово — не Шукил, а скорее Шукиля или Шукиль. Это прозвище, а не крестильное имя.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «шукать» — искать, разыскивать, высматривать. В южнорусских и белорусских говорах «шукать» — обычное слово. От него образовалось прозвище Шукила (или Шукиль) для человека дотошного, любопытного, того, кто вечно что-то выискивает или подглядывает. Суффикс -ил- (-иль-) в прозвищах характерен для активного деятеля: «делатель действия». Сравните: ворошила, заводила, кутила. Шукила — «тот, кто шукает». Форма Шукилёв закономерно возникла из «чей сын?» — Шукилёв, то есть потомок Шукилы.

Менее убедительная версия выводит фамилию из тюркского «шуки» (нечто острое, колющее) или из «шук» как звукоподражания. Но в русском языке нет устойчивой традиции превращать такие основы в прозвища на -ила. Поэтому версия с «шукать» — основная.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России: Курская, Белгородская, Воронежская области. Там, где «шукать» — живое слово. На севере и в Сибири она редка. Это указывает на то, что предки Шукилёвых были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми из чернозёмной полосы, получившими прозвище за свой характер или манеру поведения.

Однокоренные фамилии — Шукин, Шукалов, Шукаев — образованы от других форм того же корня, но Шукилёв стоит особняком, сохраняя архаичную словообразовательную модель с суффиксом деятеля.