Фамилия Шульняев образована от прозвища или нецерковного имени Шульня, а тот, в свою очередь, — от диалектного слова «шульня». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «шульня» означала левшу, то есть человека, который всё делает левой рукой. Прозвище Шульня давали не только тому, кто был от природы левшой, но и человеку, который казался неловким, «не с той руки» делающим, или просто тому, кто выделялся своей непохожестью на других.

Модель образования фамилии стандартна для восточнославянской ономастики: суффикс -ев присоединялся к основе на мягкий согласный (Шульн-я → Шульн-ев). Такая форма указывает на принадлежность: «чей?» — Шульняев, то есть сын или потомок Шульни. Фамилии на -ев типичны для русских, украинцев и белорусов, и в данном случае нет оснований искать иноязычные корни — основа чисто славянская, хотя и редкая.

В отличие от более распространённых фамилий вроде Шульгин или Левшин, Шульняев встречается гораздо реже. Это говорит о том, что прозвище Шульня бытовало локально, возможно, в какой-то одной местности или даже в одной крестьянской общине. Словарь русских фамилий Б. О. Унбегана не фиксирует эту фамилию, что подтверждает её нечастотность. Ближайшие аналоги — фамилии, образованные от левшей: Шуйский (от «шуйца» — левая рука), Шульгин, Шулепов.

По сословной принадлежности носители фамилии Шульняев, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии, образованные от бытовых прозвищ, редко встречаются у дворянства, которое чаще брало фамилии от географических названий или род занятий. Географически фамилия может быть привязана к северным регионам России, где слово «шульня» встречается в диалектных словарях, например, в Архангельской или Вологодской областях. Если вы встретили эту фамилию в современных справочниках, её носители, вероятно, происходят из тех мест, где леворукость когда-то бросалась в глаза и становилась причиной для прозвища.