Фамилия Шулындин — один из тех случаев, когда за привычным суффиксом -ин скрывается необычная и неочевидная основа. В русских фамилиях суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а, -я (Пушкин, Ильин) или к словам женского рода. Здесь же мы видим основу «Шулынд-», которая сама по себе является производной. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое уже имело свой суффикс — уменьшительный или уничижительный.

Ключ к разгадке — в суффиксе -ынд(а) (-инд(а)). В русских говорах и просторечии этот суффикс встречается редко и придаёт слову оттенок пренебрежительности, громоздкости или шутливости (сравните: «толстый» — «толстунда», «дурак» — «дуранда»). Соответственно, исходным могло быть прозвище Шулында, которое означало «нечто нелепое, нескладное» или относилось к человеку с некой характерной чертой. Сама основа «шул-» может восходить к диалектному глаголу «шулить» — «шутить, проказничать, хитрить» (отсюда же «шулер» в значении «мошенник»). Таким образом, Шулында — это либо «шутник, пройдоха», либо, с учётом суффикса, «неуклюжий шутник».

Есть и более прозаичная версия, связанная с географией. Фамилия Шулындин встречается преимущественно в южнорусских регионах, особенно в Воронежской и соседних областях. Там слово «шулынды» могло быть местным названием какой-либо утвари, детали одежды или даже растения. Например, в тамбовских говорах «шулында» — это «кривая, изогнутая палка» или «коряга». Если так, то прозвище могли дать человеку сутулому, с искривлённой спиной или хромому.

Фамилия образована по типичной «семейной» модели: сын Шулынды стал Шулындиным. Суффикс -ин здесь работает как притяжательный, отвечая на вопрос «чей?». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые доминируют в русском ономастиконе, фамилии на -ин чаще встречаются на севере и в центральной части России, но в случае с Шулындиным ареал явно смещён на юг, что дополнительно указывает на диалектное происхождение основы. Вариант написания с буквой «ы» после «ш» (а не «у») — норма для русской орфографии, он не несёт дополнительной смысловой нагрузки, но закрепляет фамилию в ряду таких же редких образований, как Корытин или Болдындин.