Фамилия Шунатова — женская форма, мужской вариант — Шунатов. В основе лежит прозвище или некрестильное имя Шунат. Само слово «шунат» в русских говорах не встречается, поэтому искать его значение напрямую в словарях диалектов бесполезно. Скорее всего, это переоформленное тюркское или монгольское имя.

Самый вероятный источник — тюркское слово «шун» или «шуна», которое имело значение «хороший», «добрый», «славный», а также могло относиться к молодому животному, например, к жеребёнку. В татарском языке есть имя Шуна, в башкирском — Шунат. Аффикс -ат в тюркских именах часто указывает на принадлежность или обладание качеством. Тогда Шунат — это «обладающий добротой» или «славный». В русской среде такое имя легко превратилось в прозвище, а затем и в фамилию.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов (Шунат → Шунатов). Это указывает на то, что носитель фамилии был потомком человека по прозвищу Шунат, скорее всего, в среде служилых людей, казачества или крестьянства южных и восточных регионов России, где контакт с тюркскими народами был постоянным.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с древнерусским словом «шуный» (левый, расположенный с левой стороны). В этом случае Шунат мог означать «левша» или «тот, кто живёт слева». Однако эта гипотеза слабее, так как слово «шунат» в таком значении не зафиксировано. Тюркская версия объясняет и форму, и географию бытования фамилии: Шунатовы встречаются в Поволжье, на Урале и в Сибири — в зоне активного русско-тюркского взаимодействия.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Шунатовыми могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Фамилия недворянская, в родословные книги не вносилась.