Фамилия Шунушева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять значение, нужно отбросить суффикс -ев- (женская форма — Шунушева, мужская — Шунушев) и посмотреть на основу «Шунуш». В русской ономастике такой корень не встречается, что сразу указывает на иноязычное, скорее всего тюркское, происхождение.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским личным именем или прозвищем «Шунуш». В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) слово «шунуш» может означать «радость», «веселье» или «ликование». Имя Шунуш могло даваться ребёнку, рождение которого стало для семьи большим счастьем, либо человеку с весёлым, живым нравом. Суффикс -ев/-ев указывает на принадлежность: Шунушев — буквально «сын (или потомок) Шунуша».

Вторая, менее распространённая гипотеза отталкивается от звуковой близости к башкирскому слову «шөншө» (шило, острый предмет). В этом случае прозвище Шунуш могло закрепиться за мастером-ремесленником (сапожником, шорником) или за человеком с острым, колким языком. Однако версия с личным именем выглядит убедительнее, так как имена со значением «радость» — типичная модель для тюркской антропонимии.

Географически фамилия Шунушева встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Челябинской области — регионах, где исторически плотно живут башкиры и татары. Это подкрепляет тюркскую версию. Фамилия не относится к дворянским или купеческим, её носители, скорее всего, были крестьянами или сельскими ремесленниками, а сама фамилия оформилась в XIX веке при переписях, когда тюркские имена записывали по русскому образцу с суффиксом -ев.

В написании стоит обратить внимание на букву «Ш» в начале и мягкий суффикс -ев- (не -ов-), что характерно для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или шипящий. Встречаются варианты Шунышев (с «ы»), но это, скорее всего, искажение при записи.