Фамилия Шупике — редкий для русской ономастики случай. С первого взгляда она кажется иноязычной, и это первая версия: фамилия может иметь польские, украинские или белорусские корни. В этих языках суффикс -ке (-кевич) часто указывает на происхождение от имени или прозвища. Основа «Шуп-» может восходить к диалектному слову «шупать» — ощупывать, искать ощупью, или к «шуп» — в некоторых говорах так называли щуплого, худого человека. Более того, в польском языке «szup» или «szupka» — это уменьшительное от «szupla» (кладовка, чулан), что могло прозвищем человека, жившего при кладовой или работавшего с запасами.

Однако есть и другая, более вероятная для русского уха, версия. Фамилия Шупике могла возникнуть в результате адаптации немецкой фамилии Schuppke или Schupke. Немецкое Schuppe — чешуя, или Schupp — пучок, клок. Немецкие колонисты, переселявшиеся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, часто получали фамилии, которые на слух переделывались местным населением. Суффикс -ке в немецком варианте — уменьшительный, а в русском контексте он закрепился как окончание.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна для исконно русских фамилий, где преобладают суффиксы -ов, -ин или -ский. Шупике не склоняется по падежам, что типично для фамилий славянского происхождения на -о, -е, -у, а также для многих заимствованных. Географически фамилия встречается в западных областях России, а также в Беларуси и на Украине, что подтверждает её возможное польское или немецкое происхождение через посредничество этих регионов.

Если исходить из прозвищной версии, предок носителя фамилии мог быть человеком невысокого роста, худощавым, либо тем, кто постоянно что-то щупал, проверял — например, оценщиком или сторожем. В любом случае, фамилия Шупике — яркий пример того, как на стыке языков и культур рождаются необычные родовые имена, которые не вписываются в привычные схемы.