Фамилия Шупиня — редкий пример, когда географический акцент в написании сразу выдаёт происхождение. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шупи́ня. Фамилия явно западнославянская, точнее польская или белорусская. Об этом говорит суффикс -иня, который в польском и белорусском языках часто оформляет фамилии от прозвищ или названий профессий, тогда как в великорусской традиции ей бы соответствовала форма на -ин (Шупин).

Основа фамилии — «шупа» или «шуп». В польском языке istnieje слово «szupa» — это не только «сарай», «амбар», но и «будка», «лачуга». В белорусских говорах «шупа» означает «кожура», «шелуха», а также может быть прозвищем для невысокого, щуплого человека. Есть и другая, более конкретная версия: в польских диалектах «szupina» — это «стручок» или «скорлупа». Прозвище Шупиня могли дать либо человеку, который жил в бедной хижине (от «шупа»), либо тому, кто был худым и мелким, как стручок.

Словообразовательная модель проста: к основе «шуп» добавили суффикс -иня, который в польском языке часто передаёт принадлежность или характерный признак. То есть Шупиня — это буквально «тот, кто связан с шупой» или «похожий на шупу». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывают на отчество, польские фамилии на -иня часто фиксируют прозвище самого первого носителя.

Социальный контекст тоже прозрачен: фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, из западных регионов Речи Посполитой. Встречается она преимущественно на территории современной Польши, в Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В России фамилия Шупиня — большая редкость, и если вы носите её, то почти наверняка ваши предки пришли с запада, из польско-белорусского пограничья.