Фамилия Шупишев — редкий пример, когда корень слова, скорее всего, не имеет однозначного «прозрачного» значения. В отличие от фамилий на -ов, образованных от очевидных профессий или крестильных имён (Иванов, Кузнецов), Шупишев заставляет заглянуть в диалектную лексику или искажённые формы.

Наиболее вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «шупить» — щипать, обдирать, сдирать кору или кожуру. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шупить» означало также «драть лыко» или «чистить рыбу». Соответственно, «Шупиш» — это прозвище человека, занятого таким ремеслом: лыкодёра, кожевника или рыбака. Суффикс -иш- в основе указывает на лицо по действию (сравните: «крутишь» — «крутиш», «шупить» — «шупиш»). Таким образом, Шупишев — буквально «сын того, кто шупит».

Менее распространённая гипотеза выводит фамилию от прозвища «Шупа» или «Шупик» — так в некоторых регионах называли человека с острым, колким характером (от «щупать» или «шипеть»). Однако форма на -ишев здесь менее органична: если бы основа была «Шупа», фамилия звучала бы как Шупин или Шупов. Поэтому версия с глаголом «шупить» выглядит убедительнее: она объясняет и редкий суффикс, и конкретное занятие.

Географически фамилия привязана к Русскому Северу и Уралу. В переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с фамилией Шупишев в Вятской и Пермской губерниях. Это указывает на то, что предки, скорее всего, были государственными или монастырскими крестьянами, занимавшимися лесными промыслами — заготовкой лыка, бересты или смолокурением. Фамилия не дворянская, не купеческая, а сугубо народная, «ремесленная».

Словообразовательная модель проста: основа «Шупиш-» + патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). Интересно, что при таком построении фамилия сохранила архаичный суффикс прозвища -иш-, который в современном русском языке почти исчез из фамилий. Это делает Шупишева ценным свидетельством живой диалектной речи прошлого.