Фамилия Шусер — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она образована не от славянского корня, а из западноевропейских языков, что указывает на возможное немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение носителя. В немецком языке слово «Schusser» (вариант написания «Schuser») означает «стрелок» или «тот, кто стреляет», а также может относиться к ремеслу — изготовителю стрел или арбалетов. В средние века так могли прозвать мастера-оружейника или меткого охотника. В еврейской среде фамилия Шусер (иногда Шуссер) могла быть искусственной, образованной от того же немецкого корня, или же представлять собой вариант фамилии Шустер («сапожник»), изменившийся под влиянием местного произношения.

Суффикс -ер в фамилии типичен для немецких профессиональных прозвищ (ср. Мюллер — мельник, Фишер — рыбак). В русском языке такие фамилии не склоняются по падежам, если они заканчиваются на согласный, что и отличает их от исконно русских фамилий на -ов/-ев. Фамилия Шусер встречается в основном на территориях бывшей Российской империи, куда переселялись немецкие колонисты или еврейские общины, — в частности, в Прибалтике, на Украине и в южных губерниях России. В дореволюционных документах можно найти варианты написания: Шуссер, Шусеръ, а также Шуцер (от нем. Schütze — стрелок).

Поскольку фамилия не имеет славянского суффикса принадлежности, её носители, скорее всего, не принадлежали к крестьянскому сословию в центральной России, а были либо городскими ремесленниками, либо выходцами из немецких колоний. В отличие от фамилий вроде Шустов (от «шустрый»), Шусер не связан с русским прилагательным — это чистый заимствованный корень.