Фамилия Шусева — женская форма фамилии Шусев. В основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Шусь. В русских говорах слово «шусь» имело несколько значений. В архангельских и вологодских диалектах так называли человека, который «шусит» — то есть шепчет, нашёптывает, говорит тихо или вкрадчиво, иногда с оттенком сплетни или наговора. В других областях «шусь» могло означать «ерш» — колючую рыбу, и тогда прозвище давали человеку колкому, неуживчивому, с острым языком.

Модель образования простая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Шусев), то есть первоначально это было отчество от прозвища отца. Обратите внимание на написание: в фамилии пишется «Шусев», а не «Шуссев» — двойная «с» нехарактерна, что говорит в пользу корня «шусь», а не, скажем, заимствований из немецкого.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях — это подтверждает связь с северными говорами. Встречается и вариант Шусин — с другим суффиксом, но той же основой.

Менее вероятная, но возможная версия — от имени Шуся, уменьшительной формы от Шура (Александр) или Шура (в женском варианте). Однако для фамилий на -ев такая основа редка, и прозвищное происхождение выглядит убедительнее.