Фамилия Шушанский — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. Суффикс -ск- указывает на происхождение от названия местности: такую фамилию получал человек, чья семья была связана с местом, именуемым Шуша или Шушань. В первую очередь на ум приходит город Шуша в Нагорном Карабахе — древний центр, известный с XVIII века. Выходец оттуда, переселившийся в русские губернии, мог получить фамилию Шушанский при переписи или в духовном сословии.

Однако есть и другое, не менее вероятное объяснение. В славянской топонимике встречаются названия Шуша, Шуши, Шушань — обычно это небольшие речки, ручьи или урочища. Корень «шуш-» в диалектах мог означать «шум», «шелест», «сырость» (ср. «шушать» — шептать, шуршать). Если предки жили у такой речки или в сырой низине, прозвание «шушанский» закрепилось бы за ними естественным образом. Таким образом, фамилия не обязательно восходит к кавказской Шуше.

Словообразовательная модель прозрачна: основа Шушан- (от названия) плюс типичный для польской, украинской и южнорусской традиции суффикс -ск(ий), который изначально указывал на принадлежность к месту. В дворянской среде такие фамилии нередко давали по имению, но для крестьян и мещан — просто по месту жительства. Фамилия Шушанский — не массовая, встречается точечно, что подтверждает её локальное происхождение. Носители могли быть как священниками (семинарские фамилии часто образовывали от географических названий), так и переселенцами, получившими прозвание на новом месте.