Фамилия Шушемоин — один из редких примеров, где в основе лежит не имя или ремесло, а географический объект, причём неочевидный. Её ядро — название реки Шушема, притока Костромы, протекающей по территории Костромской и Вологодской областей. В этом случае фамилия образована по той же модели, что и Москвин или Волгин: от названия реки с помощью суффикса принадлежности -ин. Форма Шушемоин — это народное притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: человек с реки Шушемы.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к конкретному лицу или месту. Если бы фамилия образовалась от названия населённого пункта Шушема (такое село существует в Костромской области), она могла бы звучать как Шушемский. Но суффикс -ин говорит о более древнем, прозвищном происхождении: скорее всего, первого носителя прозвали «шушемоин» — то есть «тот, кто с Шушемы». Такие прозвища давали переселенцам, которые перебирались в другие края, и по ним легко опознавали, откуда человек родом.

Встречается фамилия крайне редко и сосредоточена в основном на севере европейской части России — в Вологодской, Архангельской областях и в Карелии. Это подтверждает её севернорусские корни: именно в этих регионах была распространена модель образования фамилий от названий местных рек и озёр. Ономасты отмечают, что фамилии на -ин от речных названий типичны для Поморья и Заонежья.

Слово «Шушема» само по себе не имеет прозрачной этимологии в русском языке. Вероятнее всего, это субстратный гидроним, доставшийся от финно-угорского населения, жившего здесь до славянской колонизации. Корень может восходить к вепсскому или карельскому слову со значением «сырое место», «болото» или «осока». Таким образом, фамилия Шушемоин хранит память не только о конкретной реке, но и о древнем ландшафте, который осваивали предки.

Других версий происхождения, например от личного имени или профессии, для этой фамилии не существует — слишком специфична основа. Это редкий случай, когда география однозначно диктует этимологию, не оставляя пространства для догадок.