Фамилия Шушерова — женская форма фамилии Шушеров. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шушер, которое могло возникнуть от глагола «шушерить» — то есть шептаться, сплетничать, тайком говорить, а также от существительного «шушер» — так в некоторых говорах называли вора, мошенника или мелкого плута. Встречается и другое значение: в рязанских и тамбовских диалектах «шушерой» называли мелкую лесную нечисть или домового, что указывает на возможное происхождение прозвища от суеверного прозвания человека — так могли дразнить нелюдимого или странного человека.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность, то есть Шушеров — сын или потомок Шушера. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где активно бытовали прозвищные имена. Фамилия Шушерова редкая, не входит в число распространённых, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, она возникла в одном из сёл Рязанской, Тамбовской или Нижегородской губерний, где диалектное слово «шушер» фиксируется в этнографических записях XIX века.

В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается. В метрических книгах и ревизских сказках единичные носители отмечены в крестьянской среде, что подтверждает народный, а не дворянский или церковный характер фамилии. Позднее, в советское время, фамилия могла быть изменена при паспортизации — иногда её путали с Шушериным или Шушиным, но корень оставался тем же.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Шушеряев, Шушеркин, Шушарин, — то Шушерова выделяется более архаичной основой без дополнительных уменьшительных суффиксов. Это говорит о том, что прозвище Шушер было прямым, неласкательным и, скорее всего, давалось взрослому человеку за конкретную черту характера или поведение.