Фамилия Шушкареева — женская форма от Шушкареев, и её необычность сразу бросается в глаза. Редкий суффикс -еев (а не стандартное -ов или -ев) указывает на то, что перед нами не просто отчество от прозвища, а образование от фамилии на -ей, то есть от Шушкарей. Такая модель встречается реже и часто говорит о более позднем оформлении фамилии или о диалектных особенностях письма.

Основа — «шушкарь». В русских говорах слово «шушка» имело несколько значений: так называли шишку, нарост, а также мелкую вещицу или нечто невзрачное. В пермских и вятских говорах «шушкать» означало «шептать», «шушукаться», поэтому «шушкарь» могло быть прозвищем для тихого, скрытного человека или сплетника. Однако более вероятна профессиональная версия: в некоторых регионах «шушкарями» называли тех, кто занимался сбором шишек (кедровых или еловых) для промысла. Учитывая, что фамилия географически тяготеет к Поволжью и Уралу (особенно к бывшей Самарской и Оренбургской губерниям), прозвище могло закрепиться за лесным сборщиком или ремесленником, работавшим с шишками.

Формант -еев привносит дополнительный нюанс. Если бы фамилия была Шушкарев, её бы поняли как «сын Шушкаря». Форма Шушкареев — это «сын Шушкарева», то есть внук Шушкаря. Такая двойная патронимическая цепочка характерна для фамилий, которые складывались в XVI–XVII веках, когда отчество на -ов уже стало фамилией, а следующему поколению дали новое отчество от неё. В итоге носитель фамилии Шушкареев — потомок человека по прозвищу Шушкарь, но с дополнительным звеном в родословной.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она почти не фиксируется в центральных областях России, зато встречается в архивных записях по Самарской губернии и среди старообрядческих семей Заволжья. Это позволяет предположить, что предки Шушкареевых были либо государственными крестьянами, либо казаками, так как именно в этих сословиях часто сохранялись редкие прозвищные фамилии с нестандартными суффиксами. Однозначно утверждать, кем был первый Шушкарь — сборщиком шишек или молчуном, — нельзя, но промысловая версия выглядит крепче: прозвища по роду занятий давали чаще, чем по черте характера, и они легче закреплялись в качестве фамилий.