Фамилия Шутченкова — женская форма, а её основа мужская — Шутченков. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную цепочку. В основе лежит прозвище или имя Шутка, от которого через притяжательный суффикс -енк- (уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность) и далее через фамильный суффикс -ов образовалась фамилия Шутченков. Модель проста: Шутка → Шутченко (сын или потомок Шутки) → Шутченков.

Ключевой элемент здесь — суффикс -енк-, который в украинской и южнорусской традиции часто указывает на происхождение от человека с определённым прозвищем. Форма на -енко (Шутченко) — типичная для Украины, а добавление русского суффикса -ов (Шутченков) говорит о том, что носители фамилии могли жить на границе ареалов или переселились в великорусские губернии, где фамилию русифицировали. Встречается она преимущественно в южных областях России — Курской, Белгородской, Воронежской, а также в Ростовской области, что подтверждает её украинские корни.

Основа Шутка неоднозначна. В словаре древнерусских прозвищ Веселовского «Шутка» — не просто шутник, а человек, который мог выполнять роль шута или скомороха при дворе или на ярмарках. Однако в народной среде это прозвище давали и за весёлый нрав, и за привычку подшучивать, и даже за нелепый вид — в старину «шуткой» называли и несуразного человека. Есть и вторая версия: Шутка — это уменьшительная форма от канонического имени Иустин (в просторечии Устин, Шустин) или от редкого имени Шуй, но она менее убедительна, так как фамилия Шутченков чётко держится за прозвищную основу.

По сословной принадлежности носители фамилии в XIX веке были преимущественно государственными крестьянами или однодворцами (потомками служилых людей, которые жили на южных рубежах). В ревизских сказках Курской губернии за 1858 год встречаются записи о крестьянах Шутченковых, что подтверждает их непривилегированное происхождение. Значит, предок носителя этой фамилии — скорее всего, человек с прозвищем Шутка, живший на территории современной Украины или юга России, чьи потомки, переходя в другую языковую среду, адаптировали фамилию под местные нормы.