Фамилия Шутэнко звучит на южнорусский или украинский лад, и это не случайно. В её основе лежит суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером украинской, а позже и южнорусской фамильной модели. Такие фамилии обозначали потомка человека: Шутэнко — буквально «сын Шута» или «маленький Шут». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог (ШутЭнко), что типично для этой модели.

Корень «шут» — многозначный. Самое прямое значение — комик, скоморох, придворный шут. В Древней Руси шуты были не просто забавниками, но нередко и хранителями устной сатиры, позволявшей говорить правду сильным мира сего. Однако в народной речи слово «шут» имело и второй, более тёмный оттенок: так называли нечистую силу, черта. В некоторых говорах «шут» — это леший или домовой. Поэтому прозвище Шут могли дать как озорному балагур, так и человеку со странностями, которого побаивались или считали «непростым».

Версия с прозвищем выглядит убедительнее, чем гипотеза о происхождении от крестильного имени. В православных святцах имени Шут нет. Значит, перед нами типичное мирское прозвище, которое в XV–XVII веках закрепилось за родом. Поскольку фамилия на -енко чаще всего встречается в Левобережной Украине и на юге России (Курская, Воронежская, Ростовская области), предки носителей фамилии Шутэнко, вероятно, были казаками или крестьянами из этих краёв. В письменных источниках фамилия могла фиксироваться и как Шутенко, без мягкого знака, что связано с особенностями местного произношения и записи в метрических книгах.

Интересно, что фамилия Шутэнко — не единственная в этом гнезде. Есть Шутов (самая распространённая русская форма), Шутин, Шуткин и даже Шутихин. Но суффикс -енко чётко указывает на регион бытования и время формирования: это не древняя боярская фамилия, а относительно поздняя, патронимическая, возникшая в среде свободного или зависимого населения южных земель.