Фамилия Шутунова — редкий случай, где прозвищная основа почти на поверхности, но не даёт однозначного ответа. В её центре — корень «шут», который в древнерусском языке имел два основных значения: «скоморох, потешник» и «человек, говорящий нелепости, бестолковый». Однако притяжательный суффикс -ов- (в женской форме Шутунова) указывает, что фамилию образовали не напрямую от «шут», а от прозвища Шутун. Суффикс -ун в русской антропонимии традиционно присоединяли к глагольным основам для обозначения деятеля, причём с оттенком многократности или чрезмерности действия. То есть Шутун — это не просто шут, а тот, кто постоянно шутит, балагурит или, наоборот, докучает нелепыми выходками. По словообразовательной модели фамилия абсолютно прозрачна: Шутун + -ов = «сын Шутуна», «принадлежащий Шутуну».

Интересно, что фамилия Шутунова почти не встречается в центральных областях России. Основные очаги её бытования — северные и северо-западные регионы, в частности Архангельская и Вологодская области, а также Урал. В этих местах архаичный суффикс -ун сохранялся дольше, чем в южных говорах, и прозвища вроде Бегун, Крикун, Шутун были распространённее. Это косвенно указывает, что предок-носитель прозвища жил не в барской усадьбе, а в крестьянской или посадской среде, где прозвища давали по поведению — метко и без лести.

Версия, что фамилия могла пойти от церковного имени, слабая. Никакого канонического имени Шут или Шутун не существует. Искусственное сближение с греческим «шут» (как якобы заимствование) — домысел, не подтверждённый ономастикой. Единственный реальный альтернативный вариант — связь с диалектным глаголом «шутунить» (дурачиться, валять дурака), который фиксируют северные говоры. Тогда Шутун — человек, склонный к озорству, но без злого умысла.

Таким образом, фамилия Шутунова — типичная «прозвищная» фамилия, образованная по продуктивной модели русского языка. Её носитель в XVI–XVII веках, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, получившим уличное прозвище за весёлый нрав или привычку к неуместным шуткам. Фамилия не знатная, не дворянская, но зато живая и точно отражающая человеческую черту — ту самую, за которую предка и запомнили соседи.