Фамилия Шуюнов — один из тех случаев, где внешне прозрачная форма скрывает неочевидное происхождение. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая модель на -ов, которую в XIX веке получали крестьянские и мещанские роды: сын Шуюна, потомок человека по имени или прозвищу Шуюн. Но загвоздка в том, что ни в православных святцах, ни в распространённых дохристианских именах такого имени нет. Значит, основание фамилии лежит в прозвищной или топонимической сфере.

Самая вероятная версия — связь с гидронимом Шуя (реки с таким названием есть в Карелии, Ивановской и Вологодской областях) или с городом Шуя (ныне в Ивановской области). В русских говорах «шуя» означает «левый» (от общеславянского *šujь — «левый», «левша»). Жителей с этих мест могли называть «шуя́к», «шу́йский», а уменьшительно-пренебрежительная форма — «Шую́н». Суффикс -ун в прозвищах часто придавал оттенок характерности или просторечия (сравните: говорун, крикун, Шуюн — «тот, кто с Шуи»). Таким образом, Шуюнов — это потомок выходца с реки Шуи или из города Шуи, которого в новой местности прозвали по прежнему месту жительства.

Менее распространённая версия отталкивается от диалектного глагола «шу́ять» (в некоторых говорах — «шуметь, галдеть»). Тогда прозвище Шуюн мог получить шумный, беспокойный человек. Однако эта гипотеза слабее: глагол редок, а география фамилии (о ней ниже) явно указывает на северо-восток Руси, где топоним Шуя встречается чаще, чем диалектный глагол.

Стоит обратить внимание на суффиксальную модель: -унов — нестандартный вариант для оттопонимических фамилий. Обычно от названий рек и городов образовывали фамилии на -ский (Шуйский) или -ицкий (Шуйицкий). Форма Шуюнов — более народная, крестьянская. Она показывает, что предок носителя фамилии, скорее всего, не принадлежал к дворянству или духовенству, а был простым крестьянином или посадским человеком, которого переселили, и он «приписался» к новой общине по прозвищу.

Фамилия редкая. Основной ареал — центральные области России (Ивановская, Владимирская, Нижегородская), что косвенно подтверждает связь с городом Шуя и одноимённой рекой. В дореволюционных источниках Шуюновы фиксируются как государственные крестьяне, реже — как мещане. Дворянских родов с такой фамилией нет.