Фамилия Шужеев — редкий пример, где на слух угадывается нерусский корень, а разбор сразу уводит в сторону тюркских языков. Основа здесь — «шуже» или «шужа», что в ряде тюркских наречий, особенно в казахском и башкирском, означает «трус» или «робкий». Прозвище Шужа могли дать человеку нерешительному, осторожному, а то и в насмешку — за излишнюю пугливость. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель адаптации: фамилию образовали по схеме «чье?» — «Шужеев сын», то есть потомок Шужи.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным русским словом «шуга» (шуга — мелкий лёд, шугай — вид одежды). Но для фамилии Шужеев это малоправдоподобно: суффикс «-еев» типичен для тюркских заимствований (сравните Ахмеев, Бикеев), а не для исконно русских прозвищ, где чаще встречается «-ов» или «-ин».

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — регионам, где веками соседствовали русские и тюркские народы. Встречается она и в Челябинской области. По сословной принадлежности предки Шужеевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, возможно, из числа крещёных татар или башкир, принявших православие и вместе с ним — русскую фамилию.

Ономастический словарь Б. Унбегауна прямо относит подобные фамилии к группе, образованной от тюркских прозвищ с суффиксом «-ев». В этом ряду Шужеев стоит рядом с более известными Ахметьевым или Нагиевым — теми же тюркскими основами, переработанными русским языком. Спектр значений исходного прозвища мог колебаться: в некоторых диалектах «шужа» означало не столько труса, сколько человека, которого легко смутить или обмануть. Так что предок Шужеевых мог быть не столько боязливым, сколько доверчивым.